新型隐球菌为圆形的酵母型菌，外周有荚膜，折光性强。一般染色法不着色，难以发现。用印度墨汁作负染色镜检，在黑色的背景中可见圆形的透明菌体，为双壁细胞，外包有一层透明的荚膜。