溃疡性结肠炎病变位于大肠，呈连续性弥漫性分布，多数在直肠、乙状结肠，可扩展到降结肠、横结肠，少数累及全结肠。病变早期有黏膜弥漫性炎症，以后肠腺窝底部形成小的隐窝脓肿，脓肿融合溃破，黏膜即出现表浅的溃疡，并逐渐成为不规则的大片溃疡。结肠病变一般仅限于黏膜与黏膜下层，很少深达肌层，结肠穿孔、瘘管形成或结肠周围脓肿者少见。结肠炎症在反复发作的慢性过程中，大量新生肉芽组织增生，常出现炎性息肉，可表现正常结构丧失、纤维组织增加、有腺体变形等表现。由于溃疡愈合，瘢痕形成，黏膜肌层与肌层肥厚，使结肠变形缩短，结肠袋消失，甚至肠腔变窄，少数患者癌变。