耕地复垦和补偿的基本原则是“等量等质”，在数量上和土壤质量两方面相当，并依法补偿。该工程在耕地复垦和补偿中存在的问题主要有：
　　（1）占用林地7.1hm²，超过了环评批复6.2hm²的要求。
　　（2）永久占用增加的0.7hm²耕地类型不明确，包括是否为基本农田，是否履行审批手续。
　　（3）复垦和补偿未做到数量相当，质量是否相当也不明确，具体包括：
　　①永久占用耕地补偿不足，并未达到占补平衡。永久占用耕地比环评时批准的用地增加0.7hm²，而补偿却没有按实际占地数量进行补偿。
　　②临时用地占用耕地数量虽然有所减少，但2.7hm²临时占用的耕地未按照“占多少垦多少”的原则全部复耕成农田而是恢复为林地，也未予以异地补偿。
　　③占用林地7.1hm²，采用当地物种灌草结合对施工作业段进行了植被恢复，不符合“占补平衡”的原则。
　　④就植被覆盖率而言，现如今植被覆盖率为20％，没有恢复到覆盖率30％的原有水平。为分析耕地复垦措施的效果，需要调查的数据资料有：
　　（1）耕地复垦的数量和质量是否与所占耕地相当、自行复垦的位置、异地复垦的位置以及耕地开垦费的金额和缴纳情况。
　　（2）通过资料收集和实际勘测，调查工程建设前后土壤层厚度及肥力、土壤侵蚀模数，说明复垦效果。
　　（3）通过查施工期环境监理档案等，调查是否按环评批复要求，实施了分层开挖，分层回填措施，包括分层开挖深度、堆存方式、保护土壤层及防治水土流失所采取的水土保持工程数量等。
　　（4）调查与当地政府或居民签订的有关补偿协议所涉及的面积、金额等补偿及其落实的具体档案记录情况。
　　（5）通过公众参与等方式，调查耕地复垦后农作物的产量，并与工程建设前相同种类农作物产量相比，分析是否会影响农业生产。根据该项目的特点以及题中所给相关信息，在竣工环境保护验收调查中反映的生态问题主要有：
　　（1）由于工程在实际建设过程中出现了一定的变更（如有5公里管道线路发生了变更），使包括生态影响在内的环境影响与环评时相比有所变化或不同。
　　（2）环评批复要求穿越林地段占地面积控制在6.2公顷，实际却占用了7.1公顷，超过了环评批复的要求。工程占地面积及占地类型存在不确定性，对生态造成的实际影响与环评时相比有所不同，本工程对林地段和森林生态系统的影响增大。
　　（3）根据本工程占地与生态恢复及补偿情况，临时占地未完全复垦，永久占地增加，未完全补偿。生态恢复往往不能按环评或批复要求严格进行恢复，存在一定的变数。
　　（4）未说明是否按照环评批复要求进行分层开挖分层回填。
　　（5）本工程人工生态恢复植被覆盖率只有20%，与自然植被的30%的覆盖率相比，人工生态恢复的效果较差。从土地利用的角度，管道变更线段还需补充开展调查的工作内容有：
　　（1）管道变更段原来拟占用的是林地，变更后占用的是园地及其他用地，需调查并分析本段管道工程变更的原因，通过与原线段所占用的土地利用情况相比，说明变更的环境合理性，包括占地的合理性。
　　（2）调查变更工程实际占用的园地和其他土地的位置、面积及地表种植物的种类或植被类型、覆盖率及其生产力等情况。
　　（3）调查该段工程临时占地的类型、面积、分布等。
　　（4）调查工程占地改变土地利用类型所造成的实际生态影响情况，造成的实际生物量损失等。
　　（5）调查工程所采取的生态恢复类型及恢复效果，包括本段工程临时工程占地恢复所种植的植物种类，植物种植方式或布局，覆盖率，生长情况，水土保持效果等。
　　（6）管道变更影响的乡镇村庄和村民数量。
　　（7）管道变更的土地手续是否报批，是否合法。
　　（8）调查变更段是否存在环境风险（如是否存在场站或阀室）及风险防范措施，明确影响土地利用，特别是园地的生产与产品质量。