(1)总监理工程师向甲施工单位发出整改通知正确
理由：甲施工单位属于总承包单位，总监理工程师的所有指令均发给总承包单位。

(2)总监理工程师向乙施工单位发出整改通知不正确。

理由：乙施工单位是分包单位，和建设单位没有合同关系。

(3)采取的措施：既不整改也不回复属于施工单位拒绝监理机构的管理，总监理工程师应下达工程暂停令，要求承包单位停工整改；整改完毕后经监理人员复查，符合规定要求后，总监理工程师应及时签署工程复工报审表。

总监理工程师的做法正确。
理由：根据有关规定，承包人应在工程变更确定后l4d内，提出变更涉及的追加合同价款要求的报告，经工程师确认后相应调整合同价款。如果承包人在双方确定变更后的l4d内，未向工程师提出变更工程价款的报告，视为该项变更不涉及合同价款的调整。

(1)向建设单位移交的资料包括：(1)工程开工审批表、(3)分包单位资格材料、(4)工程质量事故报告及处理意见、(5)工程费用索赔报告；不需要向建设单位移交的资料：(2)图纸会审会议纪要。

(2)监理单位保存的资料包括：(1)工程开工审批表、(4)工程质量事故报告及处理意见、(5)工程费用索赔报告；不需要监理单位保存的资料：(2)图纸会审会议纪要、(3)分包单位资格材料。(2分)

施工控制测量成果及保护措施的检查、复核，应包括下列内容：

1施工单位测量人员的资格证书及测量设备检定证书。

2施工平面控制网、高程控制网和临时水准点的测量成果及控制桩的保护措施。