单独粉碎系将一味药物单独进行粉碎的方法。本法适用于：①贵重细料药如西洋参、麝香、牛黄、羚羊角等，以避免损失；②毒性药如马钱子、轻粉、斑蝥等；③刺激性药如蟾酥，可避免损失、便于劳动保护或避免对其他药物的污染；④氧化性或还原性强的药物，如火硝、硫黄、雄黄等，以避免混合粉碎时发生爆炸；⑤质地坚硬的药物，如三七、磁石、代赭石等，不便与余药一同粉碎。朱砂、人参、珍珠、鹿茸、麝香、牛黄等细料药均用单独粉碎方法。还有很多情况也需单研，如制剂中需单独提取的药物。
特殊的混合粉碎方法还包括串料（如乳香、没药）、串油（如桃仁、苦杏仁）和蒸罐（如乌鸡、鹿胎）处理等。