中药制剂主要的污染途径有：
（1）原料药：主要指植物类和动物类药材，如含糖量较高的根茎类药材和含脂肪较多的动物类药材利于微生物和螨的生长繁殖，均直接携带多种微生物和螨。
（2）辅料：如水、蜂蜜、淀粉等常用辅料均存在一定数量的微生物。
（3）制药设备和器具：如粉碎机、混合机、制丸机、压片机及各种盛装物料的料桶和器具等均有可能带人微生物，成为细菌污染源。
（4）环境空气：空气中的尘粒承载多种微生物，形成不洁的环境。
（5）操作人员：操作人员的手、外表皮肤、毛发及穿戴的鞋、帽和衣服上都带有微生物。
（6）包装材料：玻璃瓶、塑料袋、包装纸等均可能带入微生物。