为了避免差错事故，有些形状类似饮片和相反、相畏饮片不能放在一起，防止因疏忽造成意外事故。
易于被污染或掺入杂质的饮片存放
为防止灰尘污染，有些中药不宜放在一般的药斗内，如龙眼肉、青黛、玄明粉、马勃、乳香面、没药面、儿茶面、生蒲黄、血竭面等，宜存放在加盖的瓷罐中，以保持清洁卫生。
细料饮片（价格昂贵或稀少的中药）存放
不能存放在一般的药斗内，应设专柜存放，由专人管理，每天清点账物。如人参、西洋参、牛黄、麝香、西红花、羚羊角、鹿茸、珍珠、冬虫夏草、海龙、海马、三七粉、各种胶类等。
毒性中药和麻醉中药存放
必须按《医疗用毒性药品管理办法》和《麻醉药品管理办法》规定的品种和制度存放，决不能放一般药斗内，必须专柜、专账，由专人管理，严防恶性意外事故的发生。如川乌、草乌、斑蝥等27种毒性中药和麻醉中药罂粟壳。